Ngày 15 tháng 8 năm 1644, thi hài của ông được linh mục Alexandre de Rhodes mang đến Macao, và được an táng tại nhà thờ Thánh Phaolô ở đó. Riêng thủ cấp của ông thì được linh mục Alexandre de Rhodes mang theo bên mình cho đến khi được cất giữ tại nhà Bề trên Tổng quyền Dòng Tên ở Rôma.

Máu của Ngài đã đổ ra trên mảnh đất Phước Kiều (thuộc Quảng Nam) nên hiện nay Đền Thánh Anre Phú Yên thuộc Giáo xứ Phước Kiều, Giáo phận Đà Nẵng.